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大学的教学单位现分为20个学院，这些学院中又分为总共178个研究所,以及为医学院实习用的诊所。慕尼黑大学成就较高的学院主要有企业经济学院、医学院、法学院、社会学学院、物理学院和化学学院、林学院、兽医学院等。